上表の通り、乗車距離により、特急料金と特別車両料金が定められている。特別車両料金は特別車両を利用する場合、特急料金に加算して計算する。特急料金・特別車両料金とも、列車乗継が発生する場合も通しで計算し、１列車毎に計算しない。（例えば、飾磨乗換で、姫路～岡山で特急を利用する場合は、姫路～岡山の距離で計算を行う。）

特急料金は短距離客の通勤通学需要に応えるため、短距離から細かく区割りされている。

　運賃は上表を基準に計算する。ただし、一部区間には例外が存在する。

大阪梅田～三宮間は、並行鉄道路線が多く競合が激しい。そのため、特定区間運賃が設定されており、通常420円のところ、350円に設定されている。また、大阪梅田～岩屋間および大淀～三宮間も通常運賃は420円となるが、大阪梅田～三宮間と比べ高くなってしまう。そのため、同様の措置で350円となっている。また、森下～岡山間は加算運賃が設定されている。岡山城・表町・岡山の各駅を発着する場合は、上表の運賃に90円を加算して計算する。

　各駅間の運賃検索はこちら（外部サイトにとびます）

 　大阪始点の運賃で比較した場合は上図の通り。

大阪梅田～宝塚・三宮間は、並行私鉄と比べ10~70円程運賃が高く設定されている。同区間のJRと比べると、短距離はJRが安く(梅田～西宮)、逆に長距離はJRが高い(梅田～芦屋)。三宮以遠は阪急・阪神とも神戸市営地下鉄に乗り入れているため、初乗り運賃が加算される。またJRは運賃の上昇率が上がり、特に西明石以遠は電車特定区間を外れる。そのため、瀬戸急も長距離の運賃上昇率が上がるとはいえ、これらの路線と比べると概ね割安となる。

 　三宮始点の運賃で比較した場合は上図の通り。

大阪梅田～宝塚・三宮間は、大阪からの運賃比較と同様。三宮以西は神戸市営地下鉄の初乗り運賃が210円であるため、瀬戸急に比べ割高な設定となっている。特に、阪神明石線へは、地下鉄と阪神線の初乗り運賃がそれぞれ加算されるため、非常に高くなり、他社に比べ競争力が低下している。(大阪始点の場合は阪神の運賃は本線と明石線を通しで計算されるため競争力は維持されている。)